Loňský skoro dvaašedesátimiliardový přebytek českého státního rozpočtu byl ovlivněn i faktory, jež nelze hodnotit pozitivně. Jednalo se zejména o nízké investice státu. Ve svém stanovisku k loňskému státnímu závěrečnému účtu to uvedl Nejvyšší kontrolní úřad. Stát podle něj nesplnil ty úkoly, s nimiž se v rozpočtu počítalo. Úřad dále poukázal na fakt, že podíl běžných výdajů na celkových výdajích rozpočtu byl v minulém roce nejvyšší za posledních čtrnáct let, naproti tomu čerpání peněz na investice bylo nejnižší za posledních deset let.

Prezident NKÚ Miroslav Kala upozornil, že státní rozpočet České republiky původně počítal se schodkem 70 miliard korun a rozdíl mezi předpokladem a výsledkem se tak vyšplhal až na 132 miliard korun. „Výrazný nesoulad mezi tím, co říká zákon o státním rozpočtu, a tím, co se pak ve skutečnosti v hospodaření děje, s sebou logicky nese otázku, jaká je reálná váha takového zákona a jak kvalitně a věrohodně byly příjmy a výdaje státního rozpočtu stanoveny.“

Podle prezidenta NKÚ pomohly k přebytku i výjimečné okolnosti v rámci čerpání peněz z Evropské unie, kdy se na jedné straně jednalo o velký finanční objem z ukončeného programového období 2007 až 2013 a na straně druhé o pomalý rozjezd nového období. Nedaří se zajistit plynulé čerpání peněz a chyby se stále opakují, myslí si Miroslav Kala.

NKÚ ve stanovisku rovněž upozorňuje, že mezi konečným rozpočtem po změnách během roku a skutečností jsou zásadní rozdíly. V rámci jednotlivých kapitol neproběhlyy investice, s nimiž rozpočet počítal, a zejména výdaje na investice pak úřady nevyčerpaly. Stát také pro snížení českého dluhu využil rezervu, kterou podle zákona vytváří Ministerstvo financí pro řízení likvidity státní pokladny a státního dluhu a která má sloužit pro vyloučení rizik. Tato rezerva klesla koncem minulého roku na pouhé tři miliardy korun, přičemž ještě v roce 2012 dosahovala 140 miliard korun.